Fondata nel 1973 mediante fusione di due club preesistenti, dal 2000 al 2004 recò la denominazione Cittadella Padova. Vanta 18 partecipazioni al campionato di Serie B, categoria in cui ha esordito nella stagione sportiva 2000-2001 e in cui il miglior piazzamento della squadra è il quinto posto, raggiunto nella stagione 2019-2020. Nelle stagioni 2018-2019 e 2020-2021 il club è giunto a disputare la finale dei play-off per la promozione in Serie A. La storia del club è strettamente legata a quella della famiglia Gabrielli, gruppo imprenditoriale veneto attivo nel settore siderurgico, che ne detiene la proprietà fin dalla fondazione e ne ha finanziato il progressivo sviluppo, conducendola in poco tempo dal dilettantismo al professionismo. L’Associazione Sportiva Cittadella nacque nel 1973 dalla fusione di due squadre cittadine, l’Unione Sportiva Cittadellese e l’Olympia Cittadella. Durante la stagione sportiva 1973-1974, la prima della nuova società, la rosa comprendeva un paio di giocatori che si sarebbero successivamente affermati ad alti livelli, ossia Giancarlo Pasinato e Giovanni Sgarbossa. Il Cittadella sfiora l’approdo fra i professionisti nel 1983-1984, allorquando giunge seconda in classifica nel proprio girone alle spalle del Pievigina. La Serie C2 verrà raggiunta qualche anno dopo, nel 1988-1989, sotto le direttive di mister Paolo Bottacin. Alla prima esperienza in Serie C1 il Cittadella manca la qualificazione ai play-off all’ultima giornata. Nel campionato successivo, grazie al terzo posto in classifica, si ripresenta l’occasione propizia. In semifinale i granata eliminano il Varese, che gli era arrivato davanti due anni prima. Nel 2000 il sodalizio cambia denominazione in Cittadella Padova e trasferisce la sede dei propri incontri casalinghi allo stadio Euganeo di Padova, facendo leva sul difficile momento della squadra locale, retrocessa in Serie C2. Nella stagione 2007-2008 con Claudio Foscarini alla guida della squadra, grazie al terzo posto in graduatoria, il Cittadella ottiene il diritto di partecipare ai play-off per il salto di categoria. Vincendo per 1-3 (reti di Meggiorini, Coralli e De Gasperi) la gara di ritorno contro la Cremonese, guadagna la seconda promozione in Serie B della storia del club. Nel campionato 2009-2010 il Cittadella ottiene un ottimo piazzamento in classifica, grazie anche alle 22 reti di Matteo Ardemagni, mentre nella stagione 2010-2011 la squadra granata raggiunge il 14º posto in Serie B, conseguendo la salvezza e potendo così disputare il suo sesto campionato di Serie B, il terzo consecutivo. Il 22 maggio 2015 la sconfitta per 2-0 contro il Perugia sancisce l’aritmetica retrocessione del Cittadella in Lega Pro dopo sette stagioni consecutive nel campionato cadetto. Nella stagione 2017-2018 il club granata ottiene ottimi risultati, che permettono di raggiungere il settimo posto e guadagnare per il secondo anno consecutivo l’accesso ai play-off, oltre a eguagliare il record di punti (66) risalente al 2009-2010. La stagione 2018-2019 si rivela la migliore in assoluto del Cittadella. I granata concludono la Coppa Italia al quarto turno perdendo in casa del Benevento, ma è in Serie B che raggiungono un traguardo senza precedenti. Dopo il settimo posto in campionato che dà accesso ai play-off promozione per il terzo anno consecutivo, il Cittadella affronta lo Spezia nel primo turno preliminare, con partita secca fuori casa, che si conclude con un 2-1 in favore dei veneti. Nel turno di semifinale i granata affrontano il Benevento con match di andata e ritorno. Il primo, al Tombolato, vede la sconfitta del Cittadella in casa per 1-2, ma quattro giorni dopo sono i granata ad espugnare il Vigorito con un netto 0-3. Questo porta per la prima volta nella storia il Cittadella a giocarsi la finale play-off per la promozione in Serie A, nel derby veneto contro il Verona; il 30 maggio 2019 il Cittadella vince il match di andata per 2-0, ma nel match di ritorno finisce per sciupare il vantaggio perdendo per 3-0, vedendo sfumare una storica promozione. Nella stagione 2019-2020 la squadra granata, ampiamente rimaneggiata dalla sessione estiva di calciomercato, decide di puntare su alcuni giovani provenienti dalle categorie inferiori per continuare a stupire. La stagione 2020-2021, conseguenza della precedente, vede le cessioni di Davide Diaw al Pordenone e Alberto Paleari al Genoa, protagonisti della stagione precedente e in grado di generare plusvalenze da record per le casse granata. La stagione 2021-2022 si apre con le dimissioni del tecnico Roberto Venturato e con il passaggio da parte di Edoardo Gorini da vice allenatore a nuovo tecnico dei veneti. La stagione 2022-23 inizia con una vittoria all’esordio in campionato grazie al rocambolesco 4-3 contro il pisa, e con la vittoria ai trentaduesimi in coppa Italia 2-3 in casa del lecce, tuttavia verrà eliminata dal Torino ai sedicesimi di finale per 4-0. La stagione 23-24 inizia con una vittoria in rimonta in coppa Italia ai trentaduesimi di finale in casa dell’Empoli per 1-2 il 12 agosto, verrà eliminata ai sedicesimi di finale il 31 ottobre dalla Cremonese per 2-1. La stagione 2024-2025 inizia con la sconfitta in coppa Italia al primo turno per 2-1 contro il Sassuolo e in serie B per 2-1 in rimonta nel recupero contro la Salernitana all’esordio.