Fondata a Bressanone nel 1974 come sezione della polisportiva Sport Verein Milland, si è scissa dalla “società madre” nel 1995, allorché è stata ridenominata Football Club Südtirol-Alto Adige e ha adottato come colori sociali il bianco e il rosso; la denominazione è quindi divenuta F.C. Südtirol nel 2000, anno dell’esordio nel professionismo e del trasferimento a Bolzano, in meno di trent’anni il club si è imposto quale realtà calcistica di riferimento in Alto Adige. Grazie alla vittoria nel girone A della Serie C 2021-2022 ha ottenuto la sua prima storica promozione in Serie B. È quindi l’unica società del Trentino-Alto Adige ad aver raggiunto un simile traguardo nell’epoca del girone unico. Le attività partirono col solo settore giovanile e senza affiliazione diretta alla FIGC: nella stagione 1974-1975 il Milland concorse nel campionato Juniores provinciale, L’esordio della prima squadra avvenne nel 1977, quando il Milland ottenne l’immatricolazione FIGC al progressivo 68396 e prese parte ai successivi due campionati zonali di Terza Categoria. Nel 1994 la sede operativa (non quella legale) venne spostata a Varna, sempre nel 1994 l’architetto, imprenditore e mecenate sportivo Hanns Huber trattò la possibile acquisizione del Bolzano. Nell’estate 1997 l’armonia in seno al direttivo si ruppe: la notte del 2 giugno Hanns Huber presentò in assemblea (il cui clima era già teso a causa della rilevante esposizione debitoria del club) la proposta di trasferire la squadra a Termeno sulla Strada del Vino. In vista della stagione 1997-1998 alla rifondazione dell’organigramma coincise anche un cambio di guida tecnica, con la direzione sportiva assunta da Sepp Insam (Sala aveva infatti lasciato a seguito dell’uscita di Huber) e la panchina affidata a Franco Pezzato. Nel 1998 la direzione sportiva passò a un esordiente, l’ex calciatore Werner Seeber: cresciuto nelle file del Milland e vincitore dello scudetto Primavera 1982 nelle file del Cesena di Arrigo Sacchi, L’anno seguente in panchina venne chiamato Giuseppe Sannino e la rosa fu ulteriormente irrobustita dagli ingaggi, tra gli altri, dell’esperto centrocampista Luca Lomi (nominato capitano) e dell’attaccante Joachim De Gasperi. La stagione 2000-2001 sancì l’esordio del club in Serie C2. Nella prima stagione in Serie C2 i biancorossi ottennero una tranquilla salvezza; al termine di tale annata il tecnico Sannino entrò però in conflitto con la dirigenza, Nel 2003-2004 Tesser passò alla Triestina; gli subentrò Bruno Tedino, il quale a sua volta arrivò vicino alla promozione diretta, ma la perse raccogliendo soli 2 punti nelle ultime 4 giornate. Nel 2006-2007 la squadra altoatesina si presentò per la settima volta consecutiva al via del girone A di Serie C2, affidata alla guida tecnica di Aldo Firicano: dopo aver concluso il girone d’andata al terzo posto in classifica, distaccato di soli due punti dalla capolista Nuorese. Dinnanzi alla minaccia di ulteriori sanzioni, il Südtirol infine acconsentì a ristabilirsi a Bressanone, giocandovi le prime partite del successivo campionato, finché la FIGC – accogliendone le istanze – concesse una deroga per la ri-adozione dello stadio Druso. Il campionato 2007-2008 vide il club altoatesino giocare sottotono: la zona play-off rimase ben lontana e anzi la salvezza venne conseguita solo all’ultima giornata di campionato, grazie alla vittoria interna per 2-1 contro la Pro Vercelli. La stagione 2009-2010 si aprì con la conferma in panchina di Alfredo Sebastiani e un drastico rinnovamento della rosa, nella quale ben undici elementi erano altoatesini. La stagione 2010-2011, la prima nella storia del club in terza serie, si rivela difficoltosa, frattanto, a febbraio 2011, la FIGC aveva finalmente accolto le richieste del club, acconsentendo allo spostamento formale della sede legale a Bolzano. Nella stagione 2011-2012 la squadra viene assegnata al girone B di Prima Divisione e l’allenatore Giovanni Stroppa la conduce al settimo posto finale, nella stagione regolare 2012-2013 la squadra, inserita nel girone A e guidata in panchina da Stefano Vecchi, si piazza quarta e si qualifica ai play-off, dove viene eliminata in semifinale dal Carpi (che poi salirà in serie B). La successiva stagione 2013-2014 vede i biancorossi debuttare con fatica, attestandosi nella bassa classifica, in panchina è nuovamente Stroppa a guidare i biancorossi nella stagione 2015-2016, che si rivela però all’insegna della metà classifica: il girone A viene concluso al decimo posto. Per la stagione 2016-2017 la squadra viene affidata a William Viali: a dispetto dell’obiettivo dichiarato dei play-off, la squadra palesa un rendimento altalenante, nell’annata 2018-2019 la squadra, sempre guidata dal tecnico Paolo Zanetti, viene parzialmente rifondata dal nuovo direttore sportivo Paolo Bravo. Nell’estate 2021, partito il tecnico Vecchi alla volta della Feralpisalò, viene ingaggiato Ivan Javorčić. L’ossatura della squadra viene complessivamente confermata, nei mesi estivi del 2022 il Venezia paga la clausola rescissoria di Ivan Javorčić per assumerlo come nuovo tecnico. Il 14 agosto la squadra esordisce pertanto in Serie B affidata ad interim al viceallenatore Leandro Greco. Sesto nel campionato cadetto 2022/2023 perde le semifinali playoff, l’anno successivo arriva una salvezza piazzandosi al 12° posto.