Nasce a Napoli nel 1882 da Pietro, originario di Sarno, carabiniere, e Adelaide Bianchi. A due anni è con i genitori a Firenze, dove il padre presta servizio per l’Arma. Si trasferisce poi a Roma, dove consegue la licenza media. A quindici anni (1897) s’iscrive alla gioventù socialista. L’anno successivo (1898) è apprendista al quotidiano del Partito Radicale Italiano «La Capitale». Nello stesso anno avvengono a Milano i moti popolari. La repressione ordinata dal governo impone lo scioglimento di molte sedi socialiste in tutta Italia. Amendola viene arrestato per aver voluto impedire la chiusura della sede romana.
Negli anni successivi Amendola scrive alcuni articoli per «La Capitale» (direttore Edoardo Arbib), su esoterismo e teosofia. Tramite Arbib entra in contatto con la Loggia della Società Teosofica, che sul finire dell’Ottocento conta adepti quasi in ogni regione d’Italia. Tra il 1900 e il 1905 è membro della loggia capitolina, guidata da Isabel Cooper Oakley. Viene introdotto in un mondo cosmopolita, impara l’inglese e il francese. Quando capisce però che la teosofia che sta studiando, lungi dall’essere una teoria scientifica, altro non è che una variante del protestantesimo, lascia la loggia. Durante quel periodo conosce l’intellettuale lituana Eva Oscarovna Kühn e se ne innamora. Si sposano religiosamente (con rito valdese) il 25 gennaio 1906 e civilmente il 7 febbraio. Dalla loro unione nasceranno quattro figli: Giorgio, Adelaide, Antonio e Pietro.
La lapide commemorativa dell’inizio dell’attività politica di Amendola, posta sulla facciata del palazzo municipale in piazza IV Novembre a Sarno. Alle elezioni politiche del 1919 Amendola si candida con il partito «Democrazia Liberale».È eletto nel collegio di Salerno insieme ad Andrea Torre e ad altri tre candidati della lista. Entra così per la prima volta in Parlamento. La sua lista sostiene la corrente che fa capo al leader radicale Francesco Saverio Nitti, personaggio con il quale stringe una lunga amicizia. Il Salernitano è la sua base elettorale più importante, anche se non ottiene mai un controllo completo della provincia, giacché è contrastato dai liberali legati a Giovanni Giolitti, rappresentati in provincia da Giovanni Camera. Nonostante l’impegno parlamentare Amendola non rinuncia all’attività giornalistica, anzi prosegue la sua carriera su entrambi i fronti: quello giornalistico e quello politico.
È rieletto alla Camera nel maggio 1921; entra nel gruppo parlamentare “Democrazia unitaria”. Poi lascia il «Corriere della Sera» per fondare un nuovo quotidiano con Andrea Torre (anch’egli salernitano e proveniente dal «Corriere») e Giovanni Ciraolo. Nel 1922 si susseguono rapidamente molti avvenimenti. Il 26 gennaio vede la luce «Il Mondo», destinato a diventare nel giro di pochi anni una delle voci più autorevoli della stampa democratica. Un mese dopo cade il debole governo Bonomi. Amendola è chiamato nel primo governo Facta, in quota liberaldemocratica, a ricoprire la carica di ministro delle Colonie. In aprile il gruppo di democrazia liberale alla Camera (di cui Amendola fa parte) si sfalda in tre parti: dei 79 deputati di cui è composto, 40 costituiscono un nuovo gruppo (“democrazia”), 16 si uniscono al gruppo di democrazia sociale e solo 23 membri rimangono nel gruppo originario. Amendola prende posizione contro tale frammentazione. Proteso ad unificare i gruppi liberaldemocratici in Parlamento, in giugno fonda con Nitti il «Partito democratico italiano». Alla nuova formazione aderiscono 35 deputati. Una conseguenza indesiderata si verifica al giornale: il direttore Andrea Torre lascia «Il Mondo», cedendo il quotidiano alla corrente di Amendola, il quale ne fa il giornale di riferimento della propria formazione politica. Ben 29 deputati sono meridionali. Non a caso, la diffusione del giornale prediligerà le regioni del Mezzogiorno e i finanziamenti proverranno da industriali del Sud.
Dopo la marcia su Roma e l’insediamento del governo Mussolini (16 novembre 1922) Amendola sceglie una linea di ferma opposizione. Difensore delle prerogative del Parlamento, si schiera decisamente contro il governo Mussolini, non accettando le posizioni di compromesso che avanzano altri esponenti della classe dirigente liberale, come Giovanni Giolitti e Antonio Salandra. Scrive ad esempio in quegli anni: “Il fascismo ha le pretese di una religione, le supreme ambizioni e le inumane intransigenze di una crociata”. A causa delle sue posizioni critiche verso il regime subisce frequenti intimidazioni e aggressioni, che sfociarono nell’aggressione fisica il 26 dicembre 1923 a Roma, quando viene bastonato da quattro fascisti e ferito alla testa.
Nell’aprile 1924 si candida alla Camera nella circoscrizione della Campania. Viene rieletto, diventando uno degli esponenti più in vista dell’opposizione. Nel mese successivo dà vita all’«Unione meridionale», trasformata in Unione Nazionale nel novembre successivo. Dopo il delitto Matteotti Amendola scrive sul «Mondo» (giugno 1924): “Quanto alle opposizioni, è chiaro che in siffatte condizioni, esse non hanno nulla da fare in un Parlamento che manca della sua fondamentale ragione di vita. […] Quando il Parlamento ha fuori di sé la milizia e l’illegalismo, esso è soltanto una burla”. Successivamente coalizza le opposizioni (socialista, cattolica e liberale) in quella che passerà alla storia come «Secessione dell’Aventino». Annuncia che non avrebbe partecipato alle attività parlamentari fino a quando non fosse stata ripristinata la legalità. Insieme al socialista Filippo Turati, promuove una linea di opposizione non violenta al governo, confidando che, dinnanzi alle responsabilità del fascismo nella morte di Matteotti, il re si decida a nominare un nuovo governo. È contrario a qualsiasi partecipazione popolare nella lotta per abbattere il governo Mussolini ma, allo stesso tempo, rimane ostile a ricercare accordi con altri oppositori del fascismo che non avevano aderito all’Aventino ed erano restati in aula, vale a dire i comunisti.
Qualche mese dopo propone a Benedetto Croce di scrivere un manifesto che riunisca le maggiori intelligenze antiregime (da tale appello nasce il Manifesto degli intellettuali antifascisti). La secessione dell’Aventino non produce i risultati sperati, poiché alla fine del 1924 il governo Mussolini è ancora in carica.
All’inizio del 1925 Mussolini dà il giro di vite decisivo alla già repressiva politica del governo nei confronti delle opposizioni. Il 20 luglio 1925 Giovanni Amendola viene aggredito da una quindicina di uomini armati di bastone in località La Colonna a Pieve a Nievole, oggi in provincia di Pistoia. L’attentato, organizzato dallo squadrista Carlo Scorza, futuro segretario del Partito nazionale fascista, è l’ultimo di una lunga serie di intimidazioni ricevute dal deputato, dal figlio Giorgio e dalla redazione del «Mondo». Amendola decide di farsi curare a Parigi, dove si reca alla fine dell’anno e agli inizi del 1926. Viene operato poiché i chirurghi hanno rilevato un ematoma sulla regione corrispondente all’emitorace sinistro.
Per favorire il decorso post-operatorio i familiari trasferiscono Amendola a Cannes, in Provenza, ma egli muore all’alba del 7 aprile 1926 nella clinica Le Cassy Fleur, non essendosi mai ripreso dalle percosse ricevute. Venne sepolto da esule a Cannes sotto una lapide che recita: «Qui vive Giovanni Amendola…aspettando». Solo nel 1950 la sua salma tornerà in Italia, nel Cimitero di Poggioreale a Napoli.